Преосвященным Александром (Зайцевым), епископом Плесецким и Каргопольским, настоятелем Богоявленского Кожеозерского монастыря был назначен игумен Феодосий (Курицын). 7 октября отец Феодосий с братией Александро-Ошевенского монастыря послушником Алексием (Сучилкиным) и послушником Андреем (Серебренниковым) прибыл в вверенную ему обитель. В монастыре батюшка отслужил божественные литургии в день памяти апостола Иоанна Богослова и преподобных схимонаха Кирилла и схимонахини Марии Радонежских. Затем отец Феодосий осмотрел хозяйство монастыря и пообщался с братией.
Монастырь основан преподобным Нифонтом и Серапионом Кожеезерскими в 1560 году. 30 сентября 1585 года Иван Грозный специальной грамотой пожаловал обители Лопский остров на Кожеозере, а вокруг него «матерой земли о четырёх верст». Кроме того, Серапион Кожеезерский приобрёл за двести рублей земли в деревнях Керешка, Клещево, Канзапелда и Пияла на реке Онеге, а также «доли» в солеварнях на берегу Белого моря.
В начале XVII века Борис Годунов сослал в монастырь своего политического противника Ивана Сицкого; здесь его насильно постригли в монахи.
В конце XVI века в монастыре постригся и прожил около трёх лет блаженный Леонид Устьнедумский (после он перешёл в Соловецкий монастырь). На рубеже XVI–XVII веков в монастыре жил св. Никодим Хозьюгский (Кожеезерский). После него в монастыре осталась икона Богоматери «Неопалимая Купина», которую Никодиму в 1605 году пожаловал Пафнутий, митрополит Сарский и Подонский.
В 1630-х годах в обитель из Анзерского скита перешёл Никон, и в 1643 году по просьбе братии он был поставлен игуменом. Никон наладил здесь бойкую торговлю солью и красной рыбой. Именно в это время Никон познакомился с будущим царём — семнадцатилетним Алексеем Михайловичем. В 1646 году, вскоре после восшествия на престол (1645), царь попросил патриарха Иосифа возвести Никона в сан архимандрита и назначить его настоятелем столичного Новоспасского монастыря.
В 1642 году княгиня Елена Куракина пожаловала монастырю серебряный крест с мощами разных святых и частями Животворящего Древа и ризы Господней.